3577 - Bioinformatikkur í verki
Skeiðsupplýsingar
- Heiti
- Bioinformatikkur í verki
- Skeiðsnummar
- 3577.24
- Lestrarár
- 2024-2025
- ECTS
- 7,50
- Stig
- Bachelor
- Deildir
- Náttúruvísindadeildin
- Útbúgvingar
- B.Sc. í mýlalívsvísindum
- Fortreytir
- A) Verða upptikin sum studentur til bachelorútbúgvingina í lívfrøði á Fróðskaparsetri Føroya og fylgja vanligu lestragongdini ella B) Stakgreinalesandi mugu hava hóskandi grundarlag í kyknufrøði og tilsvarandi mýlskum skeiðum, eitt nú 3514 Lívevnafrøði, 3518 Mýlsk kyknulívfrøði I og 3516 Arvalæra, 3576 Mýlsk kyknulívfrøði II.
- Undirvísingarmál
- Undirvíst verður á enskum, donskum, norskum og føroyskum. Undirvísingartilfar er á enskum.
- Tilmelding
- Lesandi á 5. lestrarhálvu í B.Sc. í mýlalívsvísindum eru sjálvvirkandi tilmeldað. Stakgreinalesandi melda seg til skeiðið umvegis Lestrarskrivstovuni við at senda teldupost til lss@setur.fo
- Byrjanardato
- mánadagur, 28. oktober 2024
- Endadato
- hósdagur, 19. desember 2024
Fakligt innihald
- Endamál
- At geva studentunum nøkur amboð, so teir, teoretisk og í verki, eru førir fyri at gera bioinformatiskar analysur av lívfrøðiligum data.
- Læruúrtøka
- Eftir staðið skeið er studenturin førur fyri at: 1. Geva eina lýsing av, hvussu sekvensir kunnu samanberast, og hvussu samanberingarnar kunnu nýtast til ymisk endamál. 2. Kritisk at meta um úrslitini frá sekvens-samanberingunum. 3. Leita í og taka fram sekvensir, sum eru almannakunngjørdir í sekvens- og strukturdatabasum, so sum GenBank, UniProt, Ensembl og PDB. 4. Lýsa endamálið og tørvin fyri annotering og at nýta nøkur av annoteringsamboðunum, serliga “Gene Ontology” (GO). 5. Við 3D modellum, at sjónliggera, handfara og modulera 3D strukturar av proteinum og vísa, hvørja ávirkan smá mýl kunna hava á hesi modell. 6. Við støði í MS/MS-spektrum manuelt at áseta sekvensirnar av simplum peptidum og avgera, hvørjum proteinum hesi peptidini stava frá. 7. Analysera MS (MALDI) og MS/MS peptid-spektra við net-baseraðum amboðum, sum eru ætlað til at identifisera og kvantifisera proteinir, og broytingar av proteinum, eftir at hesi eru gjørd. 8. Lýsa bæði góðar og skaðiligar avleiðingar, sum genetisk variatión kann viðføra, og vísa á, hvussu tílíkar variatiónir kunnu ávísast. 9. Skilja og lýsa prinsippini í málrættaðum (16S rRNA og onnur gen) og ikki-málrættaðum “metagenomics”. 10. Lýsa nakrar av meginreglunum innan savnan av sekvensum (tað veri seg transkriptom, genom (íleguhópur) ella annað umfatandi sekvenstilfar) við framkomnari sekvenseringstøkni. 11. Analysera menningarskyldskap: (i) við at lýsa, hvussu DNA- og proteinsekvensir kunna nýtast at ávísa hvussu stigvísar broytingar eru hendar í gen-familjum og nærskyldum artum, og (ii) gera fylogenetiskar analysur, har byrjað verður við einum ella nøkrum fáum nærskyldum sekvensum. 12. Kritisk at meta um: royndaruppsetingar, hagfrøðilig fyrilit, datavernd, lívsleiðina hjá upplýsingunum (data) og tá teir leggja til rættis, at meta um etisk viðurskifti í samband við kanningarnar.
- Innihald
- Eina innføring í “Next-Generation Sequencing (NGS)” teknikkum, sum verða nýttir til sekvensering á ymiskum stórskala kanningum, so sum genom, exom og RNA. Samanbering av sekvensum. Databasur og leita í teimum. Bioinformatisk identifisering, modifisering og kvantifisering av proteinum. Virkni og Gene Ontology (t.e., bioinformatisk analysa av identeti, tíð, stað, funktión). Biostatistik og R. Struktuellar (3D) kanningar av proteinum. Genetisk variatión, haplotypur. “Genome-wide association study (GWAS)”, imputation, arviligar sjúkur. Metagenomics og QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology). Phylogeny og MEGA. Design av royndum. Datavernd og etikkur. Lívsleiðin hjá data og data-umhvørvi.
- Læru- og undirvísingarhættir
- Fyrilestrar, læraraframvísingar, verkstovur, uppgávurokning og orðaskifti.
Próvtøka
- Próvtøkuháttur
- Sameining av 1) Uppgávur í verkstovum 2) postara framløgu. Viðv. 1) Allar kravdu uppgávurnar í verkstovunum skulu verða latnar inn og góðkendar áðrenn postara framløgu (próvtal verður ikki givið fyri hendan partin). Tá hesin parturin er góðkendur, er hann eisini galdandi til møguliga endurpróvtøku. Viðv. 2) Tey lesandi skulu gera ein postara við úrslitum frá eini verkstovu, og leggja hann fram (próvtal verður givið fyri hendan partin)
- Próvdøming (innanhýsis/uttanhýsis)
- Innanhýsis
- Próvtalsstigi
- 7-talsstigin
- Próvtøkudagur/dagar
- Samansetta próvtøkan er sett til 19. desember, 2024
- Freist fyri frámelding til próvtøku
- mánadagur, 28. oktober 2024
Ábyrgd og undirvísarar
- Ábyrgd
- Sunnvør Klettskarð í Kongsstovu
- Undirvísarar
- Sunnvør Klettskarð í Kongsstovu, Svein-Ole Mikalsen, Anni Djurhuus, Bent Petersen, Henrik Nielsen